一、忌与碱性肥料混施或同时施用
尿素施后须转化成氨态氮才会产生肥效，而氨态氮在碱性条件下，大部分氮素会变成氨气挥发掉，所以尿素不能与石灰、草木灰、钙镁磷肥等碱性肥料混施或同时施用。一般来说，夏秋季节，尿素与碱性肥料应错开3～4天施用，冬春季应错开7～8天。
二、忌作拌种肥
尿素在生产过程中，常产生少量的缩二脲，当缩二脲含量超过2％时就会对种子和幼苗产生毒害，这样的尿素进入种子和幼苗中，会使蛋白质变性，影响种子发芽和幼苗生长，故不宜作种肥。若必须作为种肥施用，要避免种、肥接触，并控制用量。
三、忌施后立即灌水
尿素属酰胺态氮肥，它要转化成氨态氮才能被作物根系吸收利用，转化过程因土质、水分和温度等条件不同，时间有长有短，一般在经过2～10天才能完成，若施后马上灌排水或旱地在大雨前施用，尿素就会溶解在水中而流失。一般夏秋季节应在施后2～3天才能灌水，冬春季节应在施后7～8天后浇灌水。
四、忌地表撒施
尿素撒施在地表，常温下要经过4～5天的转化才能被利用，大部分氮素容易在氨化过程中挥发掉，一般实际利用率只有30％左右，如果在碱性土壤和有机质含量高的土壤中撒施，氮素的损失会更快更多。而且尿素浅施，易被杂草消耗。
尿素深施，融肥于土，使肥料处于湿润的土层中，有利于肥效的发挥。作追肥应穴施于苗旁或沟施在苗侧，深度应在10～375px左右。这样，尿素集中在根系密集层，便于作物吸收利用。试验证明，深施比浅施能提高尿素的利用率10%～30%。
五、忌用量过大
尿素含氮量高，施用量不宜过大，以免造成不必要的浪费和“肥害”。一般每亩施用5～15公斤，水田每亩施15～20公斤。施用过多，在转变为碳铵前不能被土壤吸收，容易被雨水淋失，且易伤害作物。同时尿素施得过多，大部分被流失，进入地下水，将会导致水体的氮素污染，造成亚硝酸盐的沉积，严重影响人畜安全。
六、忌高浓度叶面喷施
在所有氮肥里面，尿素是最理想的叶面肥。喷施尿素，作物合成蛋白质的数量和速度都超过其他氮肥。但是，叶面喷施时切忌尿素溶液浓度过大，否则会烧坏叶片，也会毒害植株。通常对玉米、水稻等喷施的浓度以2%为宜；蔬菜、瓜类以0.5%～1.5%为宜。
七、忌施用过迟
施用尿素过晚，不利于肥效的发挥，易造成作物贪青晚熟，故一般应比其他氮肥早4天～7天施用。
八、忌单一施用
尿素的有效成分是氮素，养分单一，而作物生长发育需要多种营养成分。因此，尿素应和有机肥及磷、钾肥等配合施用，以满足农作物对各种养分的需要。而且尿素与有机肥及化肥合理混施，还能有效提高其利用率。
如尿素与过磷酸钙混合施用，可以使不稳定的碳酸氢铵转变为稳定的磷酸铵，这样氮的自然挥发就大大减少。尿素与有机肥料混合施用，在发酵过程中产生有机酸，也可加速尿素的转化与分解，迅速被作物吸收，提高尿素的利用率。
1.平衡施肥
尿素是纯氮素化肥，不含作物生长必需的大量元素中的磷、钾，因此，做追肥时应在测土化验的基础上，采用配方施肥技术，平衡施入氮、磷、钾肥。先把作物全生育期所需的全部磷、钾肥和部分（30%左右）氮肥结合整地底施。
再把剩下70%左右的氮肥（可以用尿素）作为追肥施入，其中作物的需肥临界期、最大效率期追施60%左右，后期追施10%左右。只有氮、磷、钾3种肥料合理配合、科学施入，才能使追施尿素的利用率提高。
2.适期追施
每种作物对氮、磷、钾的吸收都有一个特定的临界期（即作物对某种元素吸收特别敏感的时期）。此期缺肥（氮、磷、钾），作物的产量降低，品质下降，影响巨大，即使以后再施入充足的肥料，对作物产量、品质的影响也无法逆转。
除此之外，还有一个最大效率期，即此期施肥作物可获得较高的产量，作物对肥料的利用效率最高。由以上分析可见，只有在作物的营养临界期和最大效率期追肥，才能提高肥料的利用率，使作物达到高产、优质。
尿素做追肥时，应在作物的需氮临界期、最大效率期之前1周追施。不同的作物其需肥临界期、最大效率期不同，应区别对待，合理施用。比如小麦、玉米等禾本科作物的需氮临界期在分蘖期、穗分化期，棉花在蕾铃期等。
氮最大效率期小麦在拔节至孕穗期，水稻在分蘖至拔节期，玉米在大喇叭口期，番茄在结果期，白菜在莲座期，向日葵在花蕾期，大豆在初花期等。
3.适时追肥
尿素为酰胺态肥料，需要转化为碳酸铵被土壤胶体吸附，进而被作物吸收，这一过程需要6～7天，此间尿素首先被土壤中的水分溶化，后缓慢转化成为碳酸铵，因此，尿素做追肥施用时，应在作物的需氮临界期和肥料最大效率期前1周左右施入，不可过早或过迟。
4.深施覆土
施用方法不当极易造成尿素随水流失、氨气挥发等氮素损失现象，浪费肥料，耗费人工，还极大地降低了尿素的利用率。
正确的施用方法是：在玉米、小麦、番茄、白菜等作物上施用，应在距离作物20厘米处，挖15～20厘米深的穴，将肥料施入后用土盖严，在土壤不是太干旱的情况下7天后浇水。当土壤干旱严重确需浇水时，应小水轻浇1次，不可大水漫灌，以防尿素随水流失。在水稻上施用时，应采用撒施，施后保持土壤湿润，7天内不能灌水，待肥料充分溶化被土壤吸附后，可浇1次小水，而后再晾晒5～6天。
5.叶面喷施
尿素易溶于水，扩散性强，易被叶片吸收，对叶片损伤较小，适合做根外追肥，可结合作物病虫害防治进行叶面喷施。但做根外追肥时，应选择缩二脲含量不超过2%的尿素，以防损伤叶片。
根外追肥的浓度因作物不同而有差别。喷施时间宜在下午4时后，此时蒸腾量小，叶面气孔逐渐张开，有利于作物对尿素水溶液的充分吸收。